Инспекция организует взаимодействие ФНС России с полномочным представителем Президента Российской Федерации в ДФО и органами государственной власти субъектов РФ, входящих в состав федерального округа.
По плану, утвержденному ФНС России, организует и проводит проверки финансово-хозяйственной деятельности, проверки исполнения территориальными органами ФНС России функций, установленных законодательством о налогах и сборах, валютным законодательством и иными нормативными правовыми актами РФ.