Афонина Елена Алексеевна родилась 30 мая 1973 года в поселке Северном города Воркуты Коми АССР.
 
Имеет высшее образование: окончила в 1997 году Белгородский университет потребительской кооперации по специальности «Финансы и кредит». В 2015 году окончила Северо-Кавказский федеральный университет, присвоена квалификация «Магистр» по направлению подготовки «Финансы и кредит».

Свою трудовую деятельность начала в 1992 году в Государственной налоговой инспекции по Шпаковскому району Ставропольского края старшим государственным налоговым инспектором отдела учета и отчетности.

За период с 1992 года по 2010 год в реорганизованной в Межрайонную ИФНС России № 5 по Ставропольскому краю замещала ряд должностей, а именно главный государственный налоговый инспектор отдела контроля по налогообложению юридических лиц, заместитель начальника Межрайонной инспекции. В 2010 году была назначена начальником отдела урегулирования задолженности и обеспечения процедуры банкротства УФНС России по Ставропольскому краю. В декабре 2010 года возглавила Межрайонную ИФНС России № 5 по Ставропольскому краю. С 27 апреля 2012 года назначена заместителем руководителя Управления Федеральной налоговой службы по Ставропольскому краю. С 28 августа 2016 года назначена руководителем Управления Федеральной налоговой службы по Ставропольскому краю.