Инспекция осуществляет проведение мероприятий внутриведомственного контроля территориальных органов ФНС России и организаций, находящихся в ведении ФНС России, в том числе по вопросам финансово-хозяйственной деятельности, организацию взаимодействия с полномочным представителем Президента Российской Федерации в Уральском федеральном округе и с управлениями ФНС России по субъектам Российской Федерации, входящими в Уральский федеральный округ. Кроме того, Инспекция осуществляет полномочия вышестоящего налогового органа в части досудебного рассмотрения жалоб (апелляционных жалоб) юридических и физических лиц на акты ненормативного характера Управлений ФНС России по Курганской области и Ямало-Ненецкого автономного округа, действия (бездействие) их должностных лиц.