Инспекция осуществляет взаимодействие ФНС России с полномочным представителем Президента Российской Федерации в Сибирском федеральном округе, проводит проверки эффективности работы территориальных органов ФНС России, а также осуществляет финансовый контроль за деятельностью территориальных органов, организаций, находящихся в ведении ФНС России, на территории субъектов Российской Федерации, входящих в Сибирский федеральный округ.