В соответствии с п. 4 ст. 4 Федерального закона от 21.11.1996 N 129-ФЗ "О бухгалтерском учете" (далее - Закон N 129-ФЗ) (в ред. Федерального закона от 28.11.2011 N 339-ФЗ "О внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации" (далее - Закон N 339-ФЗ)) организации, получившие статус участников проекта по осуществлению исследований, разработок и коммерциализации их результатов в соответствии с Федеральным законом от 28.09.2010 N 244-ФЗ "Об инновационном центре "Сколково", в случае непревышения годового объема их выручки от реализации товаров (работ, услуг) в размере одного миллиарда рублей вправе вести учет доходов и расходов в порядке, установленном гл. 26.2 "Упрощенная система налогообложения" НК РФ, если иное не предусмотрено п. 4 ст. 4 Закона N 129-ФЗ (в ред. Закона N 339-ФЗ).
Организации, использующие право, предусмотренное абз. 1 п. 4 ст. 4 Закона N 129-ФЗ (в ред. Закона N 339-ФЗ), освобождаются от обязанности ведения бухгалтерского учета.
Действие положений п. 4 ст. 4 Закона N 129-ФЗ (в ред. Закона N 339-ФЗ), ст. ст. 145.1, 246.1, 273, 274, 284, 289, 395 НК РФ (в ред. Закона N 339-ФЗ) распространяется на правоотношения, возникшие с 01.01.2011 (п. 2 ст. 8 Закона N 339-ФЗ).
При этом необходимо отметить, что участники проекта ведут налоговый учет в порядке, установленном ст. 346.24 НК РФ, в случаях, если они воспользовались правом ведения книги учета доходов и расходов в соответствии с п. 4 ст. 4 Закона N 129-ФЗ (в ред. Закона N 339-ФЗ) (п. 5.1 ст. 284 НК РФ (в ред. Закона N 339-ФЗ)).
Предусматривает порядок освобождения организаций, получивших статус участников проекта, от обязанностей налогоплательщиков, связанных с исчислением и уплатой налога на добавленную стоимость и налога на прибыль организаций (далее - право на освобождение) и Налоговый кодекс РФ (далее – НК РФ) (ст. ст. 145.1 и 246.1 НК РФ). При этом нужно отметить, что само по себе наличие статуса участника проекта "Сколково" не дает права на освобождение от обязанностей налогоплательщика.
Так, участник проекта "Сколково" не позднее 20-го числа месяца, следующего за месяцем начала использования освобождения, должен направить в налоговый орган по месту своего учета (п. п. 2, 4, 7 ст. 246.1 НК РФ):
- письменное уведомление об использовании права на освобождение по форме, утвержденной Приказом Минфина России от 30.12.2010 N 196н;
- документы, подтверждающие статус участника проекта "Сколково";
- выписку из книги учета доходов и расходов участника проекта (для организаций, ведущих бухгалтерский учет, - отчет о прибылях и убытках), подтверждающую, что объем годовой выручки не превысил 1 млрд руб. Выписка из книги учета доходов и расходов составляется в произвольной форме. При этом исходя из смысла данная выписка должна содержать: наименование организации, ИНН, КПП, адрес, период (год), общую сумму полученных доходов за год, в том числе сумму выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), исчисленную в соответствии со ст. ст. 249 и 273 Кодекса.
Для последующего использования права на освобождение необходимо ежегодно не позднее 20 января представлять в налоговую инспекцию по месту учета уведомление о продлении с приложением указанных выше документов (п. 6 ст. 246.1 НК РФ).
Обратите внимание!
Если участник проекта "Сколково" не представит перечисленные документы или подаст недостоверные сведения, налог за прошедший налоговый период подлежит восстановлению и уплате в бюджет вместе с соответствующей суммой пеней (абз. 4 п. 6 ст. 246.1 НК РФ).
Как отмечает Минфин России, налог также следует восстановить и уплатить, если необходимые документы участник проекта представит позже установленного срока (Письмо от 20.06.2012 N 03-03-06/1/316).
Пунктом 8 ст.246.1 НК РФ предусмотрено, что участник проекта вправе направить в налоговый орган уведомление и документы в случаях, предусмотренных пунктами 4 и 6 статьи 246.1 НК РФ, по почте заказным письмом.
Таким образом, из анализа статей 145.1 НК РФ и пунктов 4, 6, 7, 8 ст. 246.1 НК РФ следует, что Кодексом предусмотрена обязанность участника проекта направить в налоговый орган по месту своего учета документы, подтверждающие право на освобождение (документ о наличии статуса участника проекта Сколково, выписку из книги учета доходов и расходов или отчета о прибылях и убытках, подтверждающую годовой объем выручки от реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав), а также уведомление об использовании права на освобождение (о продлении срока действия права на освобождение) единым пакетом в установленные кодексом сроки (не позднее 20-го числа месяца, следующего за месяцем, с которого этот участник проекта начал использовать право на освобождение и по окончании налогового периода не позднее 20-го числа последующего месяца при продлении использования права на освобождение в течение последующего налогового периода).
Соответственно, до внесения соответствующих изменений в Кодекс участник проекта обязан неоднократно в течение года представлять по существу одни и те же документы, подтверждающие право на освобождение (по каждому налогу).
Из обращения следует, что ваша организация как участник проекта Сколково, представила в налоговый орган документы, подтверждающие право на освобождение, и уведомление об использовании права на освобождение (о продлении срока действия права на освобождение) с нарушением норм кодекса.
Следовательно, не выполнив требование Кодекса о представлении документов единым пакетом в установленные сроки участник проекта Сколково обязан был исчислить и уплатить налог на прибыль организаций и НДС в целом за 2011 г. в общем порядке.
Вместе с тем указанный участник проекта Сколково не утратил право на освобождение по основаниям, установленным п. 2 ст. 246.1 Кодекса, а также не отказался от освобождения с представлением соответствующего уведомления в налоговый орган.
В этой связи указанный участник проекта Сколково имеет возможность воспользоваться положениями абз. 2 п. 4 ст. 246.1 Кодекса и начать использовать в 2012 г. право на освобождение, направив в налоговый орган уведомление и соответствующие документы не позднее 20-го числа месяца, следующего за месяцем, с которого он как участник проекта вновь начнет использовать это право.
Следует отметить, что Минфин России придерживается позиции, исходя из которой следует, что для участников проекта возможность перехода с упрощенной системы налогообложения на иной режим налогообложения до окончания налогового периода статьей 346.13 НК РФ не предусмотрена. Следовательно, организации, применяющие упрощенную систему налогообложения и получившие статус участника проекта, вправе перейти на общий режим налогообложения с начала следующего календарного года и с начала этого же периода воспользоваться правом на освобождение от обязанностей налогоплательщиков по налогу на добавленную стоимость и (или) по налогу на прибыль организаций. Данная позиция приведена в письме Минфина России от 22.12.2011 N 03-03-10/124.