Родился 15 июня 1975 года в поселке Караваево Костромского района Костромской области.

В 1997 году окончил Костромскую государственную сельскохозяйственную академию по специальности "Экономика".

Работал в налоговых органах с 1997 по 2019 год. За время работы прошел путь от государственного налогового инспектора  до руководителя Управления ФНС России по Костромской области.

В период с 1997 по 2004 год работал в отделе налогообложения юридических лиц Управления МНС РФ по Костромской области,  осуществлял выездные налоговые проверки организаций.

С 2004 по 2007 год в должности начальника отдела комплексного развития налоговых органов Управления Федеральной налоговой службы по Костромской области координировал и осуществлял внедрение в налоговых органах региона системы электронной обработки данных (ЭОД).

С 2007 по 2012 год курировал контрольную работу в должности заместителя начальника инспекции ФНС по г. Костроме. Лично участвовал в защите интересов инспекции в арбитражных судах.

В 2012-2013 годах курировал отделы регистрации и учета налогоплательщиков, информационных технологий, учета и отчетности Управления ФНС России по Костромской области.

С 2014 по 2019 год замещал должность руководителя УФНС России по Костромской области.

За достигнутые успехи в работе Афанасьев А.Е. в 2009 году был награжден знаком отличия «Отличник ФНС России», знак отличия «За безупречную службу» XXV лет, Указ Президента Российской Федерации от 9 июня 2023 года № 420.

15 декабря 2025 года назначен заместителем руководителя Управления ФНС России по Ленинградской области.

Координирует и контролирует деятельность:

• отдела налогообложения имущества и камерального контроля;
• отдела работы с налогоплательщиками;
• отдела оперативного контроля.