Пестонова Эмма Михайловна свою трудовую деятельность в налоговых органах начала в феврале 1993 года государственным налоговым инспектором отдела местных налогов Государственной налоговой инспекции по Советскому району г. Улан-Удэ.

С 01.02.12 осуществляла свою деятельность в должности главного специалиста-эксперта аналитического отдела.

Пестонова Эмма Михайловна проводила работу для налоговых органов по вопросам миграции и единообразия процедуры передачи российских организаций, индивидуальных предпринимателей, физических лиц, не относящихся к индивидуальным предпринимателям, в иной налоговый орган в случае изменения местонахождения (места жительства), прекращения деятельности организации через обособленное подразделение.

Эмма Михайловна своевременно и в полном объеме выполняла график мероприятий при приеме-передаче налогоплательщика на учет в другой налоговый орган, переносила данные оперативно-бухгалтерского учета, проводила своевременное закрытие КРСБ при передаче налогоплательщиков, формировала пакет документов и обеспечивала готовность к выгрузке баз данных контейнер в другой налоговый орган.  С активным участием Эммы Михайловны была выстроена и внедрена рабочая схема взаимодействия отраслевых отделов по реализации вышеназванного приказа.

В рамках Соглашения о сотрудничестве Управления ФНС России по Республике Бурятия и Министерством образования и науки Республики Бурятия, ежегодно принимала участие в проводимых налоговыми органами информационной акции «Неделя налоговых знаний».

За период своей работы в налоговых органах Эмма Михайловна зарекомендовала себя грамотным и исполнительным специалистом, ответственным к порученным заданиям. Успешно проходила дистанционное обучение по вопросам администрирования имущественных налогов физических лиц, актуальным вопросам замещения должностей государственной гражданской службы РФ, по программе «Анализ и прогнозирование налоговых и неналоговых поступлений в бюджетную систему РФ» в Северно-Западном институте повышения квалификации ФНС России.

За период работы в налоговых органах поощрялась за достигнутые результаты в работе, награждена Почетной грамотой Администрации г. Улан-Удэ, Благодарностью Межрайонной ИФНС России №1 по Республике Бурятия.