Инспекция осуществляет взаимодействие ФНС России с полномочным представителем Президента Российской Федерации в Сибирском федеральном округе, проводит проверки эффективности работы территориальных органов ФНС России, а также осуществляет финансовый контроль за деятельностью территориальных налоговых органов, организаций, находящихся в ведении ФНС России, на территории субъектов Российской Федерации, входящих в Сибирский федеральный округ.
В рамках реализации механизма реорганизации налоговых органов путем перехода на двухуровневую систему управления, Инспекция осуществляет следующие полномочия вышестоящего органа по отношению к Управлениям Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Сибирского федерального округа, в случае отсутствия на территории соответствующих субъектов Российской Федерации инспекций по районам, районам в городах, городам без районного деления, инспекций Федеральной налоговой службы межрайонного уровня, полномочия которых в установленной сфере деятельности осуществляют указанные Управления Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Сибирского федерального округа:
- рассмотрение жалоб (апелляционных жалоб) физических и юридических лиц на акты ненормативного характера Управлений Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Сибирского федерального округа, действия (бездействие) его должностных лиц;
- проведение повторных выездных налоговых проверок налогоплательщиков в порядке контроля за деятельностью Управлений Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Сибирского федерального округа;
- осуществление согласования запросов Управлениям Федеральной налоговой службы по субъектам Российской Федерации, находящимся в границах Сибирского федерального округа, в банках сведений по счетам физических лиц.